Gedung museum nasional yang dibangun pada tahun 1862 pada awalnya merupakan tempat koleksi milik suatu lembaga pemerintah Belanda dengan tujuan penelitian dibidang seni dan ilmu pengetahuan.
Museum nasional memiliki jumlah koleksi yang paling banyak diantara museum-museum lainnya di Indonesia, yakni 142.000 koleksi. Akan tetapi, yang dapat dinikmati oleh pengunjung hanya 30% nya saja. Koleksi-koleksi di museum nasional terbagi menjadi 7 koleksi utama, yaitu koleksi prasejarah, arkeologi (arca, peralatan upacara, prasasti, perhiasan), keramik (kebanyakan dari Cina), etnografi (benda adat daerah), geografi dan perabot rumah.
Benda-benda yang ada di museum nasional merupakan hasil penggalian serta hibah dari beberapa kolektor. Uniknya, koleksi keramik dan koleksi etnografi di museum nasional ini merupakan yang terbanyak dan terlengkap di dunia. Selain itu, museum nasional juga merupakan museum yang terbesar dan pertama di Asia Tenggara.
Pada tahun 1990, seorang petani di wonoboyo Klaten Jaea Tengah menemukan harta karun yang berisi emas dan perak yang beratnya lebih dari 35 kg. Harta karun tersebut ternyata berasal dari abad ke 5 hingga ke 15 masehi. Kini, benda-benda tersebut dapat kita saksikan di museum nasional.
Sayangnya, seringkali terjadi pencurian di museum nasional. Seperti kasus pencurian emas yang dilakukan oleh kelompok kusni kadut pada tahun 1960an, kasus pencurian koleksi uang logam pada tahun 1979, pencurian keramik senilai 1,5 miliyar pada tahun 1987 dan terakhir kasus pencurian lukisan pada tahun 1996 yang akhirnya dapat ditemukan di Singapura.
